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在農(nóng)業(yè)的部獲得登記的生物有機(jī)肥生產(chǎn)企業(yè)，基本上以從事微生物肥料生產(chǎn)為主，在發(fā)酵生產(chǎn)工藝上，多采用槽式堆置發(fā)酵法，還有其他的發(fā)酵方法，如：平地堆置發(fā)酵法、發(fā)酵槽發(fā)酵法、密封倉(cāng)式發(fā)酵法等在生產(chǎn)中也得到了應(yīng)用。在發(fā)酵腐熟過(guò)程中物料的水分、碳氮比、溫度等的調(diào)節(jié)及腐熟劑的使用是生產(chǎn)工藝的關(guān)鍵，特別是菌劑的應(yīng)用直接影響著物料發(fā)酵的周期及腐熟程度。經(jīng)過(guò)腐熟的物料基本實(shí)現(xiàn)了產(chǎn)品的無(wú)害化，從而也有利于后處理過(guò)程中所加入功能菌的存活。

微生物菌是生物有機(jī)肥料產(chǎn)品的核心，在生產(chǎn)過(guò)程中，一般有兩個(gè)環(huán)節(jié)涉及到微生物的使用：

一是在腐熟過(guò)程中加入促進(jìn)物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌劑，其多由復(fù)合菌系組成，常見(jiàn)菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放線、青霉、木霉等；

二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸鹽細(xì)菌、乳酸菌、假單胞菌、放線等為主，在產(chǎn)品中發(fā)揮特定的肥料效應(yīng)。因此，對(duì)生物有機(jī)肥生產(chǎn)來(lái)說(shuō)，微生物菌的篩選、使用是一項(xiàng)核心技術(shù)，只有掌握了這一項(xiàng)關(guān)鍵技術(shù)，才能加快物料的分解、腐熟，以及保證產(chǎn)品的應(yīng)用效果。

生物有機(jī)肥就是含有活性有益菌即特定功能微生物且有機(jī)質(zhì)含量達(dá)到40%的生物質(zhì)肥料。生物有機(jī)肥也叫微生物菌肥，是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中使用的肥料制品的一種，與化學(xué)肥料、有機(jī)肥料、綠肥性質(zhì)不同，它是利用微生物的生命活動(dòng)及代謝產(chǎn)物的作用，改善作物養(yǎng)分供應(yīng)，向農(nóng)作物提供營(yíng)養(yǎng)元素、生長(zhǎng)物質(zhì)、調(diào)控其生長(zhǎng)，達(dá)到提高產(chǎn)量和品質(zhì)，減少化肥使用，提高土壤肥力的目的。

生物有機(jī)肥是指特定功能微生物與主要以動(dòng)植物殘?bào)w（如畜禽糞便、農(nóng)作物秸稈等）為來(lái)源并經(jīng)無(wú)害化處理、腐熟的有機(jī)物料復(fù)合而成的一類兼具微生物肥料和有機(jī)肥效應(yīng)的肥料。生物有機(jī)肥對(duì)實(shí)現(xiàn)資源節(jié)約型、環(huán)境友好型社會(huì)具有重要意義，是實(shí)現(xiàn)農(nóng)業(yè)可持續(xù)發(fā)展的必然選擇。當(dāng)前世界農(nóng)作物化肥施用量為120 kg/hm2， 中國(guó)農(nóng)作物化肥施用量為328.5 kg/hm2，遠(yuǎn)高于世界平均水平?；蔬^(guò)量施用、盲目施用帶來(lái)了成本的增加、環(huán)境的污染、土壤的退化等一系列問(wèn)題。